يدير الهيئة مجلس إدارة برئاسة معالي محمد بن ضاعن الهاملي وزير الطاقة وعشرة أعضاء من المواطنين من ذوي الكفاءة والاختصاص , ويتولى المجلس تصريف أمور الهيئة الاتحادية للكهرباء والماء ، ورسم السياسة التي تسير عليها لتحقيق أهدافها ، وإصدار القرارات والتعليمات في جميع المسائل التي تختص بها ، ويمارس جميع الصلاحيات والسلطات اللازمة لذلك.